Bioinformatyka

Nazwa białka	Sekwencja aminokwasowa	Sekwencja nukleotydowa	Punkt izoelektryczny	Teoretyczna masa molowa	Hydrofobowość	Składa aminokwasowy	Profil hydrofobowości	Profil hydrofilowości	Profil antygenowości
1HBA	MVHLTPEEKS AVTALWGKVN VDEVGGEALG RLLVVYPWTQR	atggtgcatctgaccccgga agaaaaaagcgcggtgaccg cgctgtggggcaaagtgaac gtggatgaagtgggcggcga agcgctgggccgcctgctgg tggtgtatccgtggacccag cgc	5.57	3162.5	0.010				Fragmenty sekwencji (podkreślone) o największym powinowactwie do cząteczki MHC typu I, czyli zdolne do wywołania odpowiedzi immunologicznej: score 227.5: MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQR score 6.7: MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQR score 3.6:< br>MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQR Najwyższa wartość score oznacza największe powinowactwo cząsteczki MHC typu I do badanej sekwencji
Vir.1a	VHLTPEEKSA VTALWGKVNV DEVGGEALGR	gtgcatctgaccccggaaga aaaaagcgcggtgaccgcgc tgtggggcaaagtgaacgtg gatgaagtgggcggcgaag cgctgggccgc	4.96	3162.5	-0.167				score 6.7: VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR score 3.6: VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR Wirus typu 1a jest jednym ze szczepów, który wywołuje najsilniejsze powikłania, gdyż wyróżnione fragmenty są homologiczne z najbardzej antygenowymi fragmentami cząsteczki hemoglobiny.
Vir.1b	LTPEEKSAVT ALWGKVNVDE VGGEALGR	ctgaccccggaagaaaaaag cgcggtgaccgcgctgtgg ggcaaagtgaacgtggatga a gtgggcggcgaagcgctg ggccgc	4.59	2926.2	-0.214				score 6.7: LTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR score 3.6: LTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR
Vir.2a	LTPEESGVTA LWGKVNVDEV EALGR	ctgaccccggaagaaagcgg cgtgaccgcgctgtggggca aagtgaacgtggatgaagtg gaagcgctgggccgc	4.25	2669.9	-0.140				Score 3.6: LTPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR score 1.5: LTPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR Wirus typu 2a jest wirusem wywołującym objawy o średnim stopniu nasilenia, gdyż w przypadku infekcji tego typu wirusem produkowane będą dwa rodzaje przeciwciał. Pierwsze z nich zdolne będą do rozpoznawania i degradacji cząsteczek hemoglobiny. Drugi rodzaj nie będze powodował tak silnej reakcji immunologicznej, ponieważ brak całkowitej homologii pomiędzy najbardziej antygenowym fragmentem sekwencji wirusowej i hemoglobiny.
Vir.2b	HITPEESGVT ALWGKVNVDE VEALGR	catattaccccggaagaaag cggcgtgaccgcgctgtggg gcaaagtgaacgtggatgaa gtggaagcgctgggccgc	4.57	2807.1	-0.231				score 3.6: HITPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR score 1.5: HITPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR
Vir.2c	TPEEKSGVTA LWGKVNVDEV EALGR	accccggaagaaaaaagcgg cgtgaccgcgctgtggggca aagtgaacgtggatgaagtg gaagcgctgggccgc	4.58	2684.9	-0.448				score 3.6: TPEEKSGVTALWGKVNVDEVEALGR score 1.5: TPEEKSGVTALWGKVNVDEVEALGR
Vir.3a	AITPEEKSAG AVTAIWAKVN VDE	gcgattaccccggaagaaaa aagcgcgggcgcggtgaccg cgatttgggcgaaagtgaac gtggatgaa	4.62	2399.6	0.009				score 10.3: AITPEEKSAGAVTAIWAKVNVDE score 0.9: AITPEEKSAGAVTAIWAKVNVDE Wirus typu 3a wykazuje objawy o najmniejszym nasileniu gdzyż w przypadku infekcji produkowane będą przeciwciała nie wykazujące powinowactwa do cząsteczki hemoglobiny. Występowanie słabych objawów związane jest z występowaniem sekwencji, które częściowo są homologiczne do najbardziej antygenowych sekwencji hemoglobiny (podkreślony fragment sekwencji zaznaczonych kolorem zielonym). Nastąpi wtedy produkcja przeciwciał niskospecyficznych, które rozpoznają cząsteczki hemoglobiny z mniejszą częstotliwością.
Vir.3b	ALHPEEKSAG AAVTAIWANV DEV	gcgctgcatccggaagaaaa aagcgcgggcgcggcggtga ccgcgatttgggcgaacgtg gatgaagtg	4.40	2378.6	0.117				score 89.5: ALHPEEKSAGAAVTAIWANVDEV score 10.3: ALHPEEKSAGAAVTAIWANVDEV
Vir.3c	MITPEEKSAG AVTAIWGVDE	atgattaccccggaagaaaa aagcgcgggcgcggtgaccg cgatttggggcgtggatgaa	4.24	2104.3	0.065				score 16.6: MITPEEKSAGAVTAIWGVDE score 1.2: MITPEEKSAGAVTAIWGVDE